DBSJ会員の皆様 SIGMOD-J会員の皆様 お茶の水女子大学の渡辺です。 ＃重複してお受け取りになられた方はご容赦下さい。 第7回バイオ情報学研究会が後10日となりましたので， 参加者募集のご案内をさせていただきます． 皆様ふるってご参加くださいますようよろしくお願いいたします． ********************************************************************** 情報処理学会 バイオ情報学研究会 第７回講演会参加者募集のご案内 ********************************************************************** 情報処理学会・バイオ情報学研究会では，12月21,22日に第７回研究会を， 電気通信大学にて開催します．多数のご参加を頂きますよう心よりお願い いたします． 日 程： 平成18年12月21日(木),22日(金) 会 場： 電気通信大学総合研究棟 3 F 306 号室(マルチメディア講義室) http://www.uec.ac.jp/acc/campusnai.html ホームページ：http://www.ipsj.or.jp/katsudou/sig/sighp/bio/index.html 備 考： 数理モデルと問題解決研究会と共催 ********************************************************************** プログラム ********************************************************************** 12月21日 セッション１ 9:00-11:50 MPS06-62-01 9:00-9:20 Title:追従運転モデル構築に利用する簡易作成模擬データの提案 Authors(s):王維恩,板倉直明,本多中二(電通大) Abstract:完全な追従運転を想定し，追従運転の模擬データを作成する．さらに，作成し た簡易模擬データを用いて追従運転モデルの構築を行い，シミュレーション結果を検討す る． MPS06-62-02 9:20-9:50 Title:Influential領域を導入した適応型光近接効果補正技術の提案 Authors(s):松縄哲明(筑波大), 野里博和，坂無英徳，村川正宏，高橋栄一(産総研)，寺 澤恒男，田中稔彦，須賀治(半導体先端テクノロジーズ)，樋口哲也(筑波大,産総研) Abstract:本研究では，光リソグラフィ技術における光近接効果補正処理にInfluential領 域を導入することで高速化を図る技術を提案し，既存のLSIパターンを用いてその有効性 を検証した． MPS06-62-03 9:50-10:10 Title:ペナルティ法による目的関数生成における重み付け自動化 Authors(s):村田幸弘, 阿部充志(日立製作所) Abstract:本研究は，従来トライアンドエラーで決定していたペナルティ法に重みを自動 で決定および更新する機能を付加することで，ユーザーの経験への依存を排除した最適化 を実現する． MPS06-62-04 10:10-10:40 Title:バンプ探索における解の精度 Authors(s):行實隆広, 廣瀬英雄，大井伸哉，宮野英次(九工大) Abstract:多次元空間内に特徴量を持ち２値(0/1)反応をとるN個の点の中から反応1を示す 点が他に比べて密な領域を探索する問題において，最適に探索された結果の精度について 述べる． MPS06-62-05 10:40-11:00 Title:ジャンプ拡散過程に基づくオプションのデルタヘッジ Authors(s):伊藤 翔, 宮崎 浩一(電気通信大) Abstract:原資産がジャンプ拡散過程に従う場合に，BSデルタを用いてオプションのデル タヘッジ戦略を実行し，その収益のジャンプパラメータに関する傾向を検討した． MPS06-62-06 11:00-11:30 Title:下方への指値変更を許容した最適指値注文モデル Authors(s):山田辰徳, 宮崎浩一(電通大) Abstract:注文執行期間に指値変更をしない既存モデルを株価推移に応じて下方へ指値変 更が可能なモデルに拡張し， 高めの初期指値設定による期待売却益の向上を確認する． MPS06-62-07 11:30-11:50 Title:日本と韓国のソブリン格付けに関する検証 Authors(s):ソ ジヒョク,宮崎 浩一，伊藤隆康，石井昌宏(電通大) Abstract:本研究では，既存モデルを効果的に適用する手法を示し，日本と韓国のソブリ ン格付が通常の社債格付とは異なり格付機関によって大きくばらつく要因を検証する． セッション２ 13:30-15:20 MPS06-62-08 13:30-13:50 Title:仮想計算機を用いたグリッド実行環境の構築 Authors(s):加藤貴士, 大西克実, 中野秀男(大阪市立大) Abstract:Xen3.0を導入したLinuxOS上でグリッド・コンピューティングを導入し，効率的 な運用方法を探る． MPS06-62-09 13:50-14:10 Title:巡回セールスマン問題を対象とした並列タブーサーチにおけるプロセス間通信の効 率化について(20) Authors(s):大村正治, 大西克実, 中野秀男(大阪市立大) Abstract:本研究では，巡回セールスマン問題を対象にメタヒューリスティクス手法の1つ として知られているタブーサーチ法を並列化し，プロセス間通信の効率化とその手法を検 討する． MPS06-62-10 14:10-14:30 Title:大規模TSPを対話的応答時間で解くためのヒューリスティックスを用いたGAの相補 的組み合わせによる解法 Authors(s):櫻井 義尚, 小野山 隆，久保田 仙, 中村 嘉宏，鶴田 節夫(東京電機大) Abstract:大規模巡回セールスマン問題 (TSP)を対話的応答時間内に専門家レベルの最適 度で解くため，多種ヒューリスティックスによるGA (Multi-world Intelligent Genetic Algorithm)を提案する． MPS06-62-11 14:30-14:50 Title:制約付きTSPのための局所利己的遺伝子の許容度を変化させるGAの提案(20) Authors(s):中村 嘉宏, 櫻井 義尚，小野山 隆，久保田 仙, 鶴田 節夫(東京電機大) Abstract:時間制約の厳しい大規模巡回セールスマン問題 (TSP)を対話的応答時間内に専 門家レベルの最適度で解くため，局所利己的遺伝子許容型GA (Locally Selfish-gene Tolerant type GA)を提案する． MPS06-62-12 14:50-15:20 Title:オブジェクト指向に基づく一貫相似性モデリング過程の実現と Authors(s):畠山正行(茨城大) Abstract:シミュレーションにおいて対象世界とその再現された計算機内部の動き/駆動の 間の高い相似性を実現する方法とそのような過程の形式的な検証方法について1つの提案 を試みる． セッション３ 15:30-17:30 MPS06-62-13 15:30-16:00 Title:Auto Viewpoint Selection を実現する一手法 Authors(s):中川真智子,高田雅美, 城 和貴(奈良女子大) Abstract:多次元データの可視化を行う際，有益な情報を得るために視点の選択は重要な 要素となっている．本稿では視点の自動選択を行うためのモデルを提案する． MPS06-62-14 16:00-16:20 Title:自己組織化マップを用いた進化的アルゴリズムについて Authors(s):Shen Kan, Zhai Fei, 北 栄輔(名大) Abstract:様々な最適化問題では設計変数間互いに従属性がある場合が多く，一般的な進 化的計算法はそのような問題に対して収束性が悪化するなどの問題も指摘されている．そ こで，本研究では，SOMを用いた進化的計算法であるSOM-EAという手法を提案する．そし て，複数のテスト関数を用いて，提案したSOM-EAの性能を検討する． MPS06-62-15 16:20-16:50 Title:グリッド環境を想定した多目的遺伝的アルゴリズムの並列モデルの提案およびその 検討 Authors(s):吉井健吾, 廣安知之, 三木光範(同志社大) Abstract:本研究では進化的多目的最適化においてグリッド環境を想定した新しい並列モ デルの提案を行い，ヘテロな計算資源を用いて数値実験を行う． MPS06-62-16 16:50-17:10 Title:Tabu Search を導入した ECGA についての検討 Authors(s):佐竹佑太, 棟朝雅晴，赤間 清(北大) Abstract:ECGA に Tabu Search を導入したハイブリッド手法を提案し，その有効性につ いて検討する． MPS06-62-17 17:10-17:30 Title:短期地震研究のための統合的なマルチデータベースの設計 Authors(s):豊島良美，石川千里，高田雅美，城和貴(奈良女子大) Abstract:より高い精度で地震短期予測を行うためには様々なデータを統合的に解析する 必要がある．本研究ではそのためのデータベースの作成をXMLを用いて行う． 12月22日 セッション４ 9:10-12:00 MPS06-62-18 9:10-9:40 Title:ピット近似関数を用いた非線形関数の局所解集合探索法 Authors(s):肥塚真由子, 渡辺俊典, 古賀久志(電通大) Abstract:関数の評価コストが高く，かつ必ずしもなめらかでない非線形最適化問題の解 法を提案する．ピット近似関数を用いることで複数の局所最適解の同時かつ効率的発見を 可能とした． MPS06-62-19 9:40-10:10 Title:極大クリーク全列挙アルゴリズムCLIQUESを基にした極大2部クリーク全列挙アルゴ リズム Authors(s):仲川崇史, 富田悦次(電通大) Abstract:CLIQUESを基にした極大2部クリーク全列挙アルゴリズムを提唱し，これが CLIQUESより使用するメモリが小さく，かつ高速である事を計算機実験で示した． MPS06-62-20 10:10-10:30 Title:ブートストラップ法を用いた分布の裾指数の推定手法の改良 Authors(s):澤村めぐみ, 吉田裕亮(お茶の水女子大) Abstract:分布の裾の推定手法として提案されているHill推定量を用いたダブルブートス トラップ法をシングルに改良し,計算量を減らした推定方法を提案する. MPS06-62-21 10:30-10:50 Title:ファジーK-平均法の論文分類支援への応用 Authors(s):大川しおり, 石榑彩乃，澤村めぐみ(お茶の水女子大) Abstract: 原子分子物理学分野における論文のアブストラクトより得られた特徴ベク トルから成るデータ集合のファジーK-平均法およびEMアルゴリズムによる分類手法を提案 する. MPS06-62-22 10:50-11:10 Title:EMアルゴリズムの混合コーシ分布への応用とその改良 Authors(s):石榑彩乃, 吉田裕亮(お茶の水女子大) Abstract:EMアルゴリズムのMステップにおいて，最尤解が厳密に求まらない混合分布問題 として，混合コーシ分布を考え，Mステップを擬似的最尤推定に置きかえた手法を提案す る． MPS06-62-23 11:10-11:30 Title:パーソナライズを考慮したWeb検索フィルタリングアルゴリズム Authors(s):堀田知宏, 北 栄輔，丸山 崇(名大) Abstract:検索エンジンユーザの各々の嗜好情報と，クエリー認知度により，パーソナラ イズされた検索結果を提示するシステムを提案する．さらに，実験結果を通して，本シス テムと既存システムを比較，検討する． MPS06-62-24 11:30-12:00 Title:進化的計算手法を用いたWeb検索キーワードのクラスタリング手法の提案 Authors(s):丸山 崇, 堀田知宏, 北 栄輔(名大) Abstract:本研究では，Web検索キーワードを進化的計算手法によりクラスタリングする手 法を提案する．進化的計算手法を用いて，クラスタとキーワードの相関値，および，クラ スタ間をまたがるエッジを考慮したクラスタリングの最適化を行う． セッション５ 9:00-12:00 MPS06-62-25 9:00-9:30 Title:生体分子間相互作用と局在に関する空間シミュレーションモデル Authors(s):我妻竜三,小林 弘, 山本知幸, 小長谷明彦(理研) Abstract:生体分子を対象とした確率論的反応拡散シミュレーションモデルの提案を行 う．細胞膜表面におけるクラスター形成，蛋白複合体生成のダイナミクスを紹介する． MPS06-62-26 9:30-10:00 Title:RNA二次構造予測における塩基対数最大化アルゴリズムの高速化の検討 Authors(s):柴田 圭, 馬場謙介(九大) Abstract:RNA二次構造予測のアルゴリズムのひとつである塩基対数最大化のアルゴリズム を近似文字列照合で用いられる高速化が適応可能か検討する． BIO06-07-01 10:00-10:30 Title:Enumerating Tree-like Chemical Structures from Feature Vector Authors(s):Hiroki Fujiwara, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu (Kyoto Univ.) Abstract:化学構造推定問題とは部分構造から化学分子のグラフ構造を推定する問題であ る．本発表では，パスの頻度に基づく特徴ベクトルが与えられたとき，これと同じ特徴ベ クトルを有する木状の化学グラフを全て列挙する問題を考える． この問題に対して分枝 限定法に基づいたアルゴリズムを提案し， その計算機実験の結果を報告する． BIO06-07-02 10:30-11:00 Title:熱揺らぎを考慮したDockingシステム開発 Authors(s):木村紗知, 佐々木愛美(奈良女子大), 関嶋政和(産総研), 高田雅美, 城和貴 (奈良女子大) Abstract:ドッキングシミュレーションは，タンパク質が別のタンパク質やペプチドなど と結合する現象をシミュレーションするものである．しかし，既存のドッキングプログラ ムはいずれも生体内で揺らいでいるタンパク質を氷のように固まったものとして扱ってお り，結合するリガンドの挙動を正しく評価出来ない．本発表では，この問題を回避し，生 体内での揺らいでいるタンパク質とリガンドの結合を求めるために，分子動力学シミュ レーションとドッキングシミュレーションを組み合わせたシステムの開発についての報告 を行う． BIO06-07-03 11:00-11:30 Title:細胞モデルの連立常微分方程式に対する可解要件と数値計算手順の解析 Authors(s):嶋吉隆夫(京都高度技術研),天野 晃, 松田哲也(京大) Abstract:生理学的細胞モデルは一般的に，代数方程式を含んだ連立常微分方程式数十個 から構成される．記述言語を用いて記述された細胞モデルの数式列を数値シミュレーショ ンする場合，その可解要件に基づく境界条件の設定と，非線形連立方程式部分の抽出を含 んだ計算順序の解析が必要となる．そこで本研究では，連立方程式のグラフ論的構造解析 手法の適用を検討し，そのための問題点およびその解決方法について考察する． BIO06-07-04 11:30-12:00 Title:Mathematical Analysis of Multiple Molecular Switches of Phosphorylation/dephosphorylation with Feedback Authors(s):Jian-Qin Liu and Yasushi Hiraoka Abstract:Based on a binary tree structure, multiple molecular switches of phosphorylation/dephosphorylation in which feedback is embedded are formalized by logical operators. The corresponding pathway reconstruction process is discussed as well. セッション６ 13:00-15:30 BIO06-07-05 13:00-13:30 Title:植物遺伝子の発現ネットワーク推定法 Authors(s):昇 博也,三井重之(三菱スペースソフトウエア),長村 吉晃,アントニオ バル タザール(農業生物資源研),(農業・食品産業技術総合研究機構),西林双龍, 渡辺 克昭, 坂田 克己(三菱スペース・ソフトウエア) Abstract:遺伝子発現の時系列データからネットワークを推定する方法について発表す る．我々はMINOS(Mathematical Gene Interaction Network Optimization Software)を使 い，遺伝子ネットワークを推定する手法を開発してきた．本報告では，イネゲノムデータ を併用した解析と応用についても述べる． BIO06-07-06 13:30-14:00 Title:遺伝子発現データを用いた病理診断補助手法 Authors(s):野田誠遼, Goutam Chakraborty, 馬淵浩司, 松原雅文(岩手県立大) Abstract:本稿では，学習済みのニューラルネットワークにおけるWeightを自己組織化 マップでクラスタリングし，重複したノードを削除することによって，遺伝子発現データ の遺伝子選択を行う手法を提案し，その評価実験の結果について述べる． BIO06-07-07 14:00-14:30 Title:SVMを用いた生体分子への金属イオン結合部位予測システムの開発 Authors(s):中澤昌美, 高田雅美(奈良女子大), 横田恭宣, 野口保, 関嶋政和(産総研), 城和貴(奈良女子大) Abstract:金属イオンの結合は，タンパク質に対して構造や機能の変化に大きな影響を与 える．タンパク質の設計図であるアミノ酸配列がシーケンサーにより網羅的に読解されて いくのに対して，タンパク質の立体構造はNMRやX線結晶解析によって解かれていくので， アミノ酸配列が得られてから立体構造が得られ機能が明らかになるまでには相当の時間が 要される．そこで本研究では，すでに金属イオンと結合することが分かっているタンパク 質の情報をデータベースから抽出し，SVMによるタンパク質と金属イオンとの結合予測を 行うシステム開発をしている． BIO06-07-08 14:30-15:00 Title:誤差を考慮した時系列マイクロアレイデータの時間軸補正方法 Authors(s):采女 寛行,宮崎 純,金谷 重彦,植村 俊亮(AIST) Abstract:DNAマイクロアレイは遺伝子発現を網羅的に解析するための技術であるが，デー タの誤差が大きいため複数の時系列データの比較手法は十分に議論されていない．その中 で二種類の時系列データを正しく比較できるように時間軸を補正する手法として DTW(Dynamic Time Warping)が提案されたが，非常に誤差に弱いという問題を持ってい た．そこで本研究では，DTWを用いた誤差に強い時間軸の補正手法を提案する． BIO06-07-09 15:00-15:30 Title:Gene arrengement for cell division cycle microarray experiments without sinusoidal fittings Authors(s):Y-h. Taguchi (Department of Physics, Chuo University) Abstract:細胞分裂周期のマイクロアレイ実験の解析には，正弦回帰を仮定した解析が用 いられることが多いが，これには多くの問題があることを見出したのでこれについて報告 する．例えば，(1) S相のannotationを持った遺伝子がS相に発現しない (2) リボゾーム 関連の遺伝子がCell Cycle regulated genesとして同定されないなどである．代わりに 我々が従来から提唱している非計量多次元尺度構成法を用いることでこの様な問題はなく なることを併せて報告する． セッション７ 15:45-17:45 MPS06-62-27 15:45-16:15 Title:衝突理論に基づく人工化学の拡張の一手法 Authors(s):浅田祐樹, 渡邉徹, 冨永和人(東京工科大) Abstract:人工化学シミュレータによってより現実的な化学反応をシミュレートするため に，本研究では物理化学における衝突理論を用いて我々の人工化学の拡張を試みる． MPS06-62-28 16:15-16:45 Title:インフルエンザウイルスの進化における共変異の変化の解析 Authors(s):谷口 剛, 伊藤公人, 五十嵐学, 村上悌治, 原口 誠(北大) Abstract:本研究では，インフルエンザウイルスの進化系統樹からアミノ酸残基位置での 共変異を抽出し，共変異の変化を検出する手法について議論する． BIO06-07-10 16:45-17:15 Title:遺伝子多型, 環境因子を用いた多因子疾患の発症予測のための新規解析手法の開発 Authors(s):冨田康之(名大), 横田充弘(名大 現愛知学院大), 本多裕之(名大) Abstract:心筋梗塞の発症は遺伝因子のみではなく，生活習慣などの環境因子の影響を大 きく受けている．本研究では，(1)遺伝因子の組み合わせ，ある環境因子に対して感受性 な遺伝因子の組み合わせによる危険因子の候補を複数提案し，(2)発症未知の人に対し て，発症有無と要因を個人レベルで推定するモデル(環境因子と遺伝因子の組み合わせ)を 構築する手法を開発した． BIO06-07-11 17:15-17:45 Title:腫瘍に対する免疫反応とその計算モデル Authors(s):高柳俊明(カレスサッポロ 稲積記念病院) Abstract:バイオメディカルの分野では分子生物学の発達に伴い様々な生物学的現象を対 象とした研究が行われおり，計算機によるモデル研究も盛んに行われている．著者はこれ までに腫瘍免疫に関するモデル研究をしてきているが，今回は生体で起きていると考えら れている腫瘍に対する免疫反応と，著者の研究を含めた種々の腫瘍免疫のモデル研究を比 較し，著者のモデル研究を発表する．